という質問をよく聞くのですが、PuTTYの秘密鍵はPuTTY独自の鍵保存形式をとっています。下記のような違いがあります。
OpenSSH鍵形式
- BEGIN DSA PRIVATE KEY-----
から始まる・・・
そしてPuTTYの秘密鍵に対応した公開鍵をサーバに貼り付けているので対応する秘密鍵が使いたい場合については、PUTTYに付属のユティリティである、「PuTTYgen」で秘密鍵を読み込んでOpenSSH形式にexportすることで、対応するOpenSSH形式の鍵をつくることができます。